晶體日記 （十四） - 真實的數據質量（1）

數據

前幾天涉及到一個數據，我和一個老師爭論了一陣的Checkcif問題。晶體數據很清晰的顯示的原子的位置，在Checkcif裏卻認為是有問題的Alert。如果是修，自然是可以修掉的，但是作為一個晶體學工作者的尊嚴，為了修而修，這不是科學，就成了畫畫了。但這個爭論也隻持續了一會，我自知無力改變什麽，一個科學發現就這樣淹沒在checkcif裏。如同Alert簡單粗暴的被90%以上的同學和老師稱之為錯誤，即便解釋了再多遍，也鮮有人認真去改正。讀過Checkcif曆史的同學都會知道，Checkcif初衷是個輔助工具幫助好色先生TV免费下载減少一些不必要的失誤。但是現在這個初衷變了味，成了大多數同學甚至審稿人眼裏的一刀切標準。每個Checkcif Report都會有這麽一句話

“THIS REPORT IS FOR GUIDANCE ONLY. IF USED AS PART OF A REVIEW PROCEDURE FOR PUBLICATION, IT SHOULD NOT REPLACE THE EXPERTISE OF AN EXPERIENCED CRYSTALLOGRAPHIC REFEREE."

然而這句話我相信絕大多數同學從來都沒有讀過。單一標準的問題對於做化學晶體的同學們尤為嚴重。這已經是吐槽了太久的吐槽，有時候是無奈的事情。不過我更想吐槽的是關於數據質量的判斷。雖然絕大多數做蛋白晶體的同學並沒有真實接觸過晶體學，但對於分辨率的概念理解卻比大多數做化學晶體的同學要好的太多。在化學晶體裏，好像世界很單一。不管是什麽樣的晶體，分辨率統一的是0.77Å or 0.83 Å。對於數據質量的判斷，永遠隻有信噪比，Rint，完整度，其它一概不問。可是對於晶體學來說，不應該衍射分辨率（自然不是所謂的0.83 Å）是較重要的概念麽？
討論

比如下麵這顆晶體的數據，學生告訴我：

“您看沒有紅色，數據質量還可以，信噪比馬馬虎虎，Rint也低於10%，可就是解不好結構。"

“分辨率呢？"

“0.84 Å"

聽到0.84 Å，其實我就已經開始懷疑了，其實這並沒有回答我問的問題。

“那這樣吧，你看下你的信噪比分布。"

“咦，這是什麽?"

“…這是數據信噪比的分布，你可以看到按照信噪比3的閾值線，2theta角對應的還不到80°，分辨率是多少？"

“... 不懂…"

“好吧,那看Xprep吧.."

“假設沒那麽嚴格，信噪比>2的時候，這裏對應的分辨率是多少？"

“…1.05 Å？"

“XPREP給你的平均信噪比是多少呢？"

“…隻有3.5.."

“那這個數據看起來還好麽？"

“…不好"

“看看你1.2 Å以上的數據，Rmerge值有多高呢？"

“…"

“假設30% 是閾值線，這個數據1.2 Å到0.83 Å基本上都是噪音，衍射圖上應該也很弱。這麽差的數據為什麽你會認為還不錯呢？"

“可是我是按照0.83 Å，信噪比10收的數據…"

“晶體的有效分辨率不是設定出來的..我也不知道為什麽Olex2會計算出來那麽高的平均信噪比，至少它對我來說沒有實際意義，我更關注它的真實分辨率"

“那我R1還能修到5%麽？"

“…這個…別想太多了…"

...對於一個衍射較弱的數據，分辨率不足，這明顯是一個硬傷。可是這個簡單明顯的問題，卻很少有人去查看。甚至在拿到hkl文件後，都沒有去查看過衍射圖的習慣。同樣的統計數字，實際上對應的可能是不同數據質量的晶體。甚至這些數字也不一定是真實的。
總結

所以，在解析一個數據之前，先確定這個晶體的分辨率真實有多少，再去設定對它的期望。如果真是分辨率不到1.2Å，那麽就要做好相位都解析不了的心理準備。當然這些實際上在收數據的時候就應該已經了解，隻是衍射圖太多時候被丟棄在一邊。當然給晶體的數據質量打分，其實是一個多參數評判的過程，取決於很多因素，並不是看hkl文件的幾個簡單的數值就結束了。甚至好色先生TV免费下载需要查看晶體對心，衍射圖，數據還原等過程。像這個看起來Rint值很低的數據，實際上也隻是低角度的數據很好，反而掩蓋了基本的分辨率不足的問題。而更多常見的問題會有定錯了晶胞，沒有處理孿晶，吸收校正錯誤，冗餘度太低，刪除了太多衍射點等等…也許每一步都是坑，填平了坑，才能知道下一步是不是走得下去。（未完，待續）

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